L'Agenzia delle Entrate (Circolare n. 31/E) ha reso noto tutte le regole sull'applicazione delle novità sugli studi di settore contenute nella Finanziaria per il 2007 e nel decreto Visco - Bersani del 2006.
Tra le novità è stata prevista la possibilità di rettificare, in sede di contraddittorio, i risultati ottenuti con gli indici di normalità economica, criteri per definire le attività marginali, non applicazione della maggiorazione del 3% nel 2006 agli studi di settore a cui si applicano gli indicatori di normalità, applicazione degli studi ai soggetti che chiudono l'attività e ne riaprono una "omogenea" entro il termine di 6 mesi, esclusione dall'inibizione degli accertamenti presuntivi, nei confronti dei contribuenti congrui, basati su operazioni finanziarie o presunzioni di acquisto o cessione ai fini Iva. Tra le novità evidenziamo anche che l'inibizione degli accertamenti presuntivi, nei confronti dei soggetti congrui agli studi di settore, non riguarda tutti gli accertamenti. L'Agenzia chiarisce infatti che la limitazione non opera relativamente ad accertamenti basati sulle presunzioni dedotte da rapporti e operazioni finanziarie e operazioni di acquisto o di cessione ai fini IVA. E' stato poi precisato che per la definizione dell'accertamento, le verifica del superamento dei limiti di € 50.000 o del 40% dei ricavi o compensi dichiarati, va effettuata con riferimento all'ammontare dei ricavi o compensi definito (e non a quello individuato prima di procedere al contraddittorio o nell'avviso di accertamento notificato). Quest'ultima previsione si applica a partire dagli accertamenti relativi al periodo d'imposta 2006. Nella circolare è stato poi evidenziato che per le imprese che svolgono l'attività in condizioni di marginalità economica, si dovrà tener conto degli effetti penalizzanti che potrebbero derivare dall'applicazione degli indicatori "Valore aggiunto per addetto" e "Redditività dei beni mobili strumentali". Tra i requisiti presi in considerazione per individuare i soggetti che svolgono l'attività in condizioni di marginalità economica, sono: la localizzazione territoriale dell'attività, le ridotte dimensioni del mercato servito, l'età del contribuente, la limitata dotazione di beni strumentali o l'obsolescenza degli stessi, l'assenza di dipendenti e l'assenza di costi relativi a servizi. L'Agenzia fornisce inoltre chiarimenti sull'applicazione degli indicatori di normalità economica previsti dal comma 14 della Finanziaria per il 2007, che hanno la finalità di segnalare eventuali anomalie rispetto a comportamenti normali degli operatori del settore. In caso di procedura di accertamento derivante dall'applicazione degli studi di settore, gli uffici dovranno valutare, se del caso, rettificare, l'importo dei maggiori ricavi o compensi determinati sulla base dell'indicatore che si è rivelato inattendibile, avvalendosi di elementi di valutazione direttamente acquisiti o forniti dal contribuente in sede di contraddittorio. Si tiene anche conto di situazioni di carattere straordinario che possono aver determinato esiti di non coerenza. Nella circolare è stato poi chiarito che le sanzioni incrementative relative alla omessa o infedele dichiarazione dei dati o all'indicazione di cause di esclusione o inapplicabilità degli studi non sussistenti, previste dalla Finanziaria 2007, si applicano alle dichiarazioni presentate a partire da quest'anno. Infine, l'Agenzia ha chiarito gli effetti, ai fini degli studi di settore, delle novità introdotte in materia di deducibilità delle spese e degli altri componenti negativi relativi a determinati mezzi di trasporto, che non siano strumentali all'esercizio dell'attività di impresa, ai fini della determinazione dei relativi redditi.

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